« simplex, a blogsome template
(almost) heart attack »

DNA Identification with PCR

Sep 4th, 2006 | Ayda | life

Teknologi identifikasi genetik plasmanutfah telah berkembang dengan sangat cepat dalam 2 dekade terakhir. Penanda DNA (Molecular Markers) telah menjadi salah satu alat yang akurat, cepat dan murah dalam membantu program pemuliaan tanaman (Marker-assisted Breeding) dan identifikasi penyakit. Pelatihan dan workshop “Identifikasi DNA dengan Aplikasi PCR” dilaksanakan di Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika, pada tanggal 28 Agustus-1 September 2006, yang diikuti oleh 20 peserta dari berbagai unit Badan Litbang Deptan lingkup Jawa Timur.

Penanda DNA berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) menjadi teknologi pilihan karena menjanjikan efisiensi dan kepastian/akurasi dalam identifikasi. Penanda DNA adalah citra (“image”) yang mewakili fragmen DNA dengan ukuran tertentu yang merupakan bagian dari genom organisme yang diuji. Penanda DNA bisa dibagi berdasar teknik dasar yang digunakan untuk mendapatkannya, yaitu: (1) penanda DNA berbasis Hibridisasi Southern, dan (2) penanda DNA berbasis PCR. PCR adalah teknik dasar dalam genetika molekuler untuk menggandakan DNA secara in-vitro. Dengan teknik ini kita bisa melipatkan-gandakan “hanya segmen tertentu” dari utas DNA yang lebih panjang, sehingga kuantitas segmen tersebut mencukupi untuk divisualisasikan pada elektroforesis gel. Contoh penanda DNA berbasis PCR adalah: RAPD, SSR, ISSR, AFLP, IRAP, REMAP, RGA, dan SNP.

Hari pertama sampai dengan hari ketiga pelatihan diisi dengan kegiatan ekstraksi, amplifikasi, separasi, dokumentasi dan analisis DNA tanaman. Tanaman yang digunakan adalah (daun) anggur, jeruk dan kopi. Primer yang digunakan adalah ISSR dan IRAP. Selain itu juga dilakukan deteksi Liberibacter asiaticus pada serangga vektor CVPD, yang dilanjutkan dengan ekstraksi, purifikasi dan kuantifikasi, amplifikasi, separasi, dokumentasi dan analisis DNA serangga. Dua hari terakhir berisi kegiatan ekstraksi DNA mikrobia (bakteri dan jamur) dan dilanjutkan dengan amplifikasi sampai dengan analisis data. Metode ekstraksi DNA yang digunakan adalah metode CTAB. Metode ini cukup bagus untuk menghasilkan DNA yang bersih dan banyak tetapi sering menghasilkan sampel DNA yang banyak terfragmentasi khususnya apabila ukuran DNA sampel cukup besar. Selain kegiatan diatas, dilakukan juga analisis kesamaan genetik menggunakan software NTSYS-pc, animated PCR dan DNA Fingerprint. Acara berakhir pada hari Jumat sore dan dilakukan penutupan oleh Kepala Balitjeruk.

That were awesome days…..

This entry was posted on Monday, September 4th, 2006 and is filed under life. You can follow any responses to this entry through the RSS 2.0 feed. You can leave a response, or trackback from your own site.

related post

  • No related posts

No comments yet.

feel free to leave a comment

Comment Guidelines: Basic XHTML is allowed (a href, strong, em, code). All line breaks and paragraphs are automatically generated. Off-topic or inappropriate comments will be edited or deleted. Email addresses will never be published. Keep it PG-13 people!

XHTML: You can use these tags: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong> <pre lang="" line="">

All fields marked with " * " are required.

Recent Photos

Shoutbox